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A história natural do Paraná começou a ser estudada de forma sistemática e organizada por volta de 1876, com a inauguração do Museu Paranaense, que constituiu-se no terceiro do gênero no país.
Em 1882 o Museu Paranaense deixou de ser uma instituição particular e estava, nessa época, representado pelas seções de Arqueologia, Etnologia, Mineralogia e pelo Acervo Zoológico, este último constituído pelas coleções de moluscos, crustáceos, aves, ofídios, mamíferos e peixes. No entanto, embora bem representadas, a maioria das coleções era formada por material doado e nem sempre preparado ou conservado de maneira conveniente, apresentando-se pouco organizado cientificamente.
Em 1939 as coleções passaram a ter um caráter eminentemente científico, com a colaboração e participação de vários cientistas de outras partes do Brasil e do mundo. A partir de então, as coleções foram estruturadas em dois grupos, um de objetos históricos, numismáticos e etnográficos e o outro das coleções de Ciências Naturais. Nessa nova fase o naturalista André Mayer, colaborador junto ao Museu, realizou a primeira expedição zoológica e também começou a haver intenso intercâmbio com outras instituições.
O Museu foi, então, reorganizado em várias seções e as áreas de estudo de História Natural foram divididas em Zoologia, Botânica, Geologia e Paleontologia. As outras áreas originaram as seções de História, Antropologia e Etnografia.
Durante o período de 1941 a 1954 houve grande desenvolvimento das Ciências Naturais no Paraná. Alguns pesquisadores do próprio Estado contribuíram para a projeção do Museu, destacando-se Lange de Morretes, Padre Jesus S. Moure, J. J. Bigarella, R. Maack, Ralph J.G. Hertel, Riad Salamuni, Rudolf Bruno Lange, Gerth Güenther Hatschbach, Joran Leprevost, E. Neves Labatut, Rubens E. Braga, Frederico W. Lange, Carlos Stelfeld e muitos outros.
Em 1956 as seções biológicas e geológicas foram desmembradas do Museu Paranaense, dando origem ao Instituto de História Natural, que ficou ligado à Secretaria da Agricultura do Estado. A 14 de agosto de 1963, o Instituto de História Natural passou a ser chamado Instituto de Defesa do Patrimônio Natural (IDPN), transferindo-se para o bairro Capão da Imbuia, onde permanece até hoje. Até 1969, o Museu Paranaense sofreu grandes dificuldades financeiras e vários técnicos transferiram-se para as universidades. Em 1976, foi integrado ao Instituto Agronômico do Paraná, da Secretaria de Estado da Agricultura e, em 1981 as coleções foram transferidas para o Departamento de Parques e Praças da Prefeitura Municipal de Curitiba, sob a denominação de Divisão de Zoologia e Geologia.
As atividades desenvolvidas já incluíam pesquisa científica nas áreas de mastozoologia, ornitologia, entomologia, carcinologia, parasitologia, ictiologia e herpetologia. Além disso, o acervo expositivo foi aberto ao público e passou a atender às redes municipal, estadual e particular de ensino.
Até o final de 1994 o Museu pertencia ao Departamento de Pesquisa e Controle Ambiental da Secretaria Municipal do Meio Ambiente, com o nome de Divisão de Museu de História Natural, tornando-se conhecido nos meios científicos como Museu de História Natural Capão da Imbuia (MHNCI). Em fevereiro de 1995 passou a integrar o Departamento de Zoológico dessa mesma Secretaria.
O MHNCI é atualmente uma divisão do Departamento de Pesquisa e Conservação da Fauna da Secretaria Municipal do Meio Ambiente da Prefeitura de Curitiba, que além da realizar pesquisas científicas e atividades de educação ambiental, mantém um banco de dados zoológico que se constitui no melhor documento de história natural do Paraná. Segundo MARTINS (1994) as coleções regionais, por reunirem espécimes de uma determinada área ou região geográfica, são extremamente importantes, pois podem encerrar, através de coletas periódicas, representação quase integral da fauna. No entanto, a organização de coleções regionais ainda é procedimento pouco habitual, quando deveria ser preocupação primordial nos centros de ensino e pesquisa da zoologia, o que se deve, freqüentemente, à falta de recursos, interesse e apoio.
O acervo do MHNCI está tombado como Patrimônio Histórico e Artístico do Paraná (Lei Estadual 1211, de 16/09/1953), e a sede constitui Unidade de Conservação Municipal (Decreto Municipal 252, de 10/05/1994).
